ORCA
安装¶
由于 glibc 版本的问题，ORCA安装会有点麻烦，参考 ORCA 安装
算例¶
算例1 test1.inp，简单算例
test1.inp
! BLYP D3 def2-TZVP def2/J noautostart miniprint nopop
* xyz 0 1
C 0.0 0.0 0.0
O 0.0 0.0 1.13
*
算例2 benzene_opt_freq.inp，复杂算例，设置使用120个进程。
benzene_opt_freq.inp
! B3LYP 6-31G* Opt Freq
%pal
nprocs 120
end
* xyz 0 1
C 0.000000 0.000000 0.000000
C 1.400000 0.000000 0.000000
C 2.100000 1.210000 0.000000
C 0.700000 2.420000 0.000000
C -0.700000 2.420000 0.000000
C -2.100000 1.210000 0.000000
C -2.100000 -1.210000 0.000000
C -0.700000 -2.420000 0.000000
C 0.700000 -2.420000 0.000000
H 1.400000 2.420000 0.000000
H -1.400000 2.420000 0.000000
H -2.800000 1.210000 0.000000
H -2.800000 -1.210000 0.000000
H -1.400000 -2.420000 0.000000
H 1.400000 -2.420000 0.000000
H 2.800000 -1.210000 0.000000
H 2.800000 1.210000 0.000000
*
运行测试¶
单节点单进程¶
运行算例1，默认只能单进程
#DSUB -n orca
#DSUB -N 1
#DSUB -nn 1
#DSUB --mpi openmpi
#DSUB -o orca_arm_%J.out
module load arm/orca/6.0.1
/share/software/app/arm/orca/6.0.1/orca test1.inp
单节点多进程¶
运行算例2，利用 openmpi 单节点运行 120 个进程。
注意算例里设置的进程数需要与作业申请的核数一致，否则运行报错。
#DSUB -n orca
#DSUB -N 120
#DSUB -nn 1
#DSUB --mpi openmpi
#DSUB -o orca_arm_%J.out
module load arm/orca/6.0.1
# 以下三行打印hostfile文件，用于debug，正常运行可以不需要
echo $CCS_MPI_OPTIONS
hostfile=$(echo $CCS_MPI_OPTIONS| sed s'/-hostfile //g')
cat $hostfile
/share/software/app/arm/orca/6.0.1/orca benzene_opt_freq.inp
多节点多进程¶
运行算例2，利用 openmpi 多节点运行 120 个进程，这里使用了 2 个节点，每个节点 60 个进程。
注意算例里设置的进程数需要与作业申请的进程数一直，否则运行报错。
#DSUB -n orca
#DSUB -N 120
#DSUB -nn 2
#DSUB --mpi openmpi
#DSUB -o orca_arm_%J.out
module load arm/orca/6.0.1
# 以下三行打印hostfile文件，用于debug，正常运行可以不需要
echo $CCS_MPI_OPTIONS
hostfile=$(echo $CCS_MPI_OPTIONS| sed s'/-hostfile //g')
cat $hostfile
# ORCA 运行目录内需要有与输入文件同名的nodes文件才能启动多节点
# 相当于给mpirun 添加了参数 --hosftfile benzene_opt_freq.nodes
cp $hostfile benzene_opt_freq.nodes
# 其它 mpirun 运行参数可以通过orca命令最后的 "arg1 arg2 arg3 ... " 传给 mpirun
/share/software/app/arm/orca/6.0.1/orca benzene_opt_freq.inp "-x LD_LIBRARY_PATH -x UCX_TLS=shm,ud"
参考
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